Penguatan kelembagaan pembenih ikan merupakan upaya untuk meningkatkan kapasitas kelembagaan pembenih ikan melalui perbaikan manajerial usaha. Penguatan kelembagaan pembenih ikan diharapkan dapat memperkuat kemandirian masyarakat pembenih ikan dalam pembangunan yang berkelanjutan. Pembentukan kelembagaan penunjang, misalnya koperasi yang dikelola secara professional, diharapkan dapat meningkatkan status daya tawar pembenih ikan dengan berbagai pihak. Koperasi yang dikelola secara profesional akan menjamin keberlanjutan usaha yang dijalankan oleh anggota karena secara langsung akan berpengaruh terhadap peningkatan bargaining position hasil produksi, jaminan kualitas, jaminan pasar dan stabilitas harga.

Dinas Kelautan dan Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta melalui DPA SKPD tahun 2016 melaksanakan kegiatan Penguatan Sistem Kelembagaan Pembenih Ikan di Daerah Istimewa Yogyakarta Angkatan I Tahun 2016 pada tanggal 15 sampai dengan 16 Maret 2016 . Bimbingan teknis ini berlangsung di Ruang Rapat Bidang Bina Usaha, Dinas Kelautan dan Perikanan DIY dan dihadiri oleh 30 orang peserta, yang merupakan perwakilan dari UPR di Kabupaten/Kota se-DIY.

Narasumber dan instruktur yang memberikan materi pada kegiatan ini berasal dari lingkup Dinas Kelautan dan Perikanan DIY, staf pengajar Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian UGM, Dinas Koperasi dan UMKM DIY, serta Pelaku Usaha. Materi yang diberikan diantaranya adalah Kebijakan Pembangunan Kelautan dan Perikanan di Dinas Kelautan dan Perikanan DIY tahun 2016, Pembentukan Koperasi Bagi Pembenih Ikan di DIY, Pengendalian Hama dan Penyakit dalam Pembenihan Ikan; serta Kemandirian Kelompok dalam Penyediaan Benih yang Bermutu Tepat Jumlah, Ukuran, dan Tepat Waktu, yang kesemuanya diharapkan dapat meningkatkan kapasitas kelembagaan pembenih ikan dan mendorong pembentukan koperasi untuk meningkatkan status daya tawar pembenih ikan yang ada di Daerah Istimewa Yogyakarta. (Fishprog,2016)